Den högsta beslutanderätten inom pensionskassan tillkommer fullmäktige som har tretton medlemmar och sammanträder till ordinarie möte en gång om året. Fullmäktige fastställer bokslutet samt väljer revisorer. I fullmäktige är statsmakten, redarna och sjöfartens arbetstagarorganisationer representerade.
Sjömanspensionskassans styrelse beslutar bl.a. om placeringen av pensionskassans medel, avger utlåtanden och framställer förslag i ärenden som gäller pensionsskyddet för sjöfolket samt sköter pensionskassans förvaltning och sörjer för att verksamheten ordnas på behörigt sätt.
Som ordförande och viceordförande för styrelsen fungerar statens representanter. Styrelsens medlemmarna representerar dels redarna och dels arbetstagarna.
Verkställande direktören styr Sjömanspensionskassans operativa verksamhet enligt de anvisningar och bestämmelser som styrelsen gett. Styrelsen utnämner verkställande direktören. .
Sjömanspensionskassans verkställande direktör är Jari Puhakka.
Ledningsgruppen består av verkställande direktören Jari Puhakka, placeringdirektör Sauli Hämäläinen, COO Anu Imppola och direktör CCO Marina Paulaharju.
Sjömanspensionskassan övervakas av: