Arbetsplatsläkaren eller annan läkare som ansvarar för vården bedömer rehabiliteringsbehovet och rekommenderar i sitt utlåtande både yrkesinriktad och medicinsk rehabilitering samt ger anvisningar om hur de olika förmånerna sökes.

Arbetsplatsläkaren känner sjukdomen samt förhållandena på arbetsplatsen och arbetets fordringar, och bedömer behovet av åtgärder för arbetspensionsrehabilitering. Ofta behövs ett gemensamt möte där arbetstagaren, förmannen, representanten för personaladministrationen samt arbetsplatsläkaren och arbetshälsovårdaren bedömer t.ex. möjligheterna för andra arbetsarrangemang och vid behov kommer överens om arbetsprövning.
Arbetshälsovårdaren kan hjälpa till att fylla i rehabiliteringsansökan.

Arbetstagaren ansökan själv om rehabilitering. Ansökan görs med en K-blankett eller med en KT-blankett, om sökanden redan uppbär rehabiliteringsstöd eller har ansökt om invalidpension.

Till ansökan fogas ett av arbetsplatsläkaren eller annan vårdande läkare utfärdat B2-läkarintyg över hälsotillståndet och kvarvarande arbetsförmåga.

Rehabilitering, som härrör sig till arbetsolycka eller yrkessjukdom, bekostas av den lagstadgade olycksfallsförsäkringen i enlighet med olycksfallsförsäkringslagen. Trafikförsäkringen svarar för rehabiliteringen efter en trafikskada. Om sökanden har fått ett nekande beslut från trafikförsäkringen eller olycksfallsförsäkringen, kan yrkesinriktad rehabiliteringen ansökas via arbetspensionsrehabiliteringen.

För rehabilitering som påverkar arbetsförmågan eller s.k. medicinsk rehabilitering svarar hälsovården eller Folkpensionsanstalten. För vård av sjukdom svarar hälsovården. Den rehabilitering som arbetspensionsanstalten stöder är yrkesinriktad rehabilitering, som avser arbetsprövning, arbetsträning, utbildning som leder till nytt arbete eller yrke eller stöd för inledande av eller fortsatt näringsverksamhet. Arbetspensionsanstalten bekostar således inte medicinsk rehabilitering och deltar inte i vårdkostnader.

Sjömanspensionskassan kan bekosta uppgörandet av en rehabiliteringsplan antingen hos arbetskraftsbyrån eller hos den som utför rehabiliteringstjänster. Däremot bekostar Sjömanspensionskassan inte undersökningar, där man bedömer arbets- och funktionsförmågan eller behovet av rehabilitering.

Rehabiliteringen är en process, vars ändamål är återgång till arbetslivet. Om det planerade rehabiliteringsprogrammet inte uppnår målsättningen, bör den vårdande läkaren granska vård- och rehabiliteringsplanen. Till exempel kan  rehabiliteringsprogrammet starta på nytt efter nödvändig vård eller så kan man överväga andra sätt för den yrkesinriktade rehabiliteringen.

Rehabiliteringen är en process, vars längd varierar. Rehabiliteringen kan bestå av endast ett rehabiliteringsprogram, t.ex. en arbetsprövning om tre månader. Ibland behövs flera program , t.ex. skolning till nytt yrke kan föregås av ett besök hos en studierådgivare samt skol- eller arbetsprövning. Rehabiliteringen kan i dessa fall räcka flere år. En namngiven rehabiliteringshandläggare på Sjömanspensionskassan följer med rehabiliteringens framskridande under hela processen och råder och hjälper rehabiliteringsklienten.

Under sjukledigheten agerar man på det sätt man kommit överens om på arbetsplatsen om sjukledighet. Korta, några dagars frånvaro på grund av t.ex. influensa inverkar inte på utbetalningen av rehabiliteringspenningen och behöver inte meddelas till Sjömanspensionskassan. Om sjukledigheten räcker längre än en vecka, skall man omedelbart meddela därom till Sjömanspensionskassan och sända en kopia på läkarintyget. Om sjukledigheten räcker flera veckor, tar pensionskassan ställning till om rehabiliteringspenningen skall avbrytas eller indras.

Sjömanspensionskassan tecknar en arbetsolycksfallsförsäkring för rehabiliteringsklienten för tiden för arbetsprövningen. Därtill har Sjömanspensionskassan en ansvarsförsäkring som ersätter de person- och sakskador, som rehabiliteringsklienten har förorsakat på grund av sin sjukdom. Via försäkringen ersättes inte skador till den del de ersättes av arbetsgivarens egen ansvarsförsäkring.

Om rehabiliteringsklienten får lön under arbetsprövningen svarar arbetsgivaren för försäkringsskyddet.